Perguruan tinggi satu-satunya di Siak Sri Indrapura adalah sekolah tinggi Agama Islam Sulthan Syarif Hasyim, yang merupakan cikal bakal dan satu Universitas Islam yang ada di kabupaten ini, Sekolah Tinggi Agama Islam Sulthan Syarif Hasyim (STAI – SUSHA) Kabupaten Siak ini berdiri pada tanggal 24 Januari 2002 Berdasarkan SK Operasional dari Kopertais Wilayah XII Riau No : 03/XII/K/2002 tentang Pemberian izin operasional kepada Sekolah Tinggi Agama Islam Sulthan Syarif Hasyim Jurusan Pendidikan Agama Islam dan Pendidikan Guru Sekolah Dasar/Madrasah Ibtidaiyah (PG SD/MI) di Siak Sri Indrapura di bawah Yayasan yang bernama Yayasan Pendidikan Islam Majlis Amanah Rakyat (YPI-MARA) Kabupaten Siak.
Kemudian pada tanggal 29 Mei 2004 berdasarkan Surat Keputusan dari Kopertasi Wilayah XII Riau dengan SK No : 08/K/XII/2004 tentang Pemberian Status terdaftar program sarjana (S1) Sekolah Tinggi Sulthan Syarif Hasyim Siak Sri Indrapura Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI).
Pada tahun 2007 Yayasan Pendidikan Islam Majlis Amanah Rakyat (YPI-MARA) Kabupaten Siak berpindah nama menjadi Yayasan Hubbul Wathan Kabupaten Siak, Riau. STAI-SUSHA yang tidak pernah berinduk pada Universitas Islam maupun pada Perguruan Tinggi lainnya, pada mulanya berdiri dengan :
Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. Dj.I/75/2007 keluar perpanjangan izin penyelenggaran program studi Pendidikan Agama Islam (PAI) jenjang Strata Satu (S1) pada Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Sulthan Syarif Hasyim Siak Sri Indrapura Riau sampai Tahun 2012.
Selanjutnya Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 593 Tahun 2012 perpanjangan izin penyelenggaran program studi Pendidikan Agama Islam (PAI) jenjang Strata Satu (S1) pada Sekolah Tinggi Sulthan Syarif Hasyim Siak Sri Indrapura sampai Tahun 2017.
Selanjutnya Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 5260 Tahun 2015 tentang izin penyelenggaran program studi pada program sarjana perguruan tinggi keagamaan islam swasta Tahun 2015.